こんにちは、管理人の高田です（@eizo_memo）。
AfterEffctsでは、「コンポジション」を複製する方法は 大きく2つあります。
方法によって 下層コンポの内容を含めるか否かが異なりますので、使い分けに注意しましょう。
下の階層を「含めずに」複製したい場合
例えば、タイムライン「comp-A」に置かれたコンポ「Pre-001」を、複製する場合を考えてみましょう。
これをタイムライン上でで複製（ctrl + D）すると、コンポ自体は複製できるものの 参照している下層コンポの中身自体は複製されません。
ですから、下の階層のPre-001の中身をいじってしまうと、当然ながら、2つとも内容が変化してしまいます。
もちろんコレはコレでいいのですが、時に「Pre-001をベースに レイアウトを若干変更したバージョン違いのコンポジションを作成したい」といった必要も生じます。
下の階層まで「含めて」複製したい場合
下層コンポまで含めて複製したい場合は、タイムラインではなくプロジェクトウィンドウ上で、当該のコンポジションを選択し複製（ctrl + D）してあげます。
すると、Pre-002のように自動的に別名が割り振られたコンポが作成されます。
Pre-002の中身はPre-001と同じ内容ですが、参照関係は独立しているのでPre-002の中身をいじっても、Pre-001には反映されません。
実は長いこと「レイヤーの複製は可能だけど、コンポジションの複製は無理」と思い込んでいましたが、そんなことはありませんでしたね。
ただし下層コンポ内に、さらにプリコンポーズされたコンポがある場合、そのコンポの下層ファイルは複製されませんのでご注意ください。
まとめ
というわけで、AfterEffectsで下層コンポも含めてコンポジションを複製する方法でした。
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書いて頂いた例のように、一度precompose
しただけであれば”下の階層迄含めた複製”
ができることはよくわかりました！
貴重な情報を有り難う御座います！
もしお時間あれば教えて頂きたいのですが、
下層コンポジションの中に更にPrecompose
されたコンポジションがある場合、
複製は”下の階層迄含めた複製”をする方法はありますでしょうか？
コメントありがとうございます、返信がすっかり遅くなってしまいました。
ご質問の件、現状では私も方法がわかりません、すみません。時間があるときに調べてみようと思います。
1.Aepフォルダーをコピーする
2.使用したいファイルだけ残す（[ファイル]メニュー＞[未使用のフッテージを削除] ）
4.メニューのレイヤー→プリコンポーズ で全てのレイヤーをまとめる
5.ファイル→読み込み→aepプロジェクトを選択して読み込む
6.プリコンポーズデータのみタイムラインに持っていけば編集できる！
貴重な情報ありがとうございます！
こちらは「下層コンポジションの中にプリコンポーズされたコンポジションがある場合の複製方法」ということでしょうか？ あとで私も検証してみようと思います。