こんにちは、高田です。
AfterEffctsでコンポジションを複製する方法は、大きく2つあります。
方法によって 下層コンポの内容を含めるか否かが異なりますので、使い分けに注意しましょう。
下の階層を「含めずに」複製したい場合
例えば、タイムライン「comp-A」に置かれたコンポ「Pre-001」を、複製する場合を考えてみましょう。
Pre-001には、RED、WH、BKの3つの平面が配置してあります。
これをタイムライン上でで複製（ctrl + D）すると、コンポ自体は複製できるものの、コンポ（Pre-001）内に配置した素材（RED、WH、BK）は複製されません。
ですから、Pre-001コンポ内の素材（RED、WH、BK）をいじってしまうと、当然ながら、両者とも内容が変化してしまいます。
もちろんコレはコレでいいのですが、時に「Pre-001をベースに レイアウトを若干変更したバージョン違いのコンポジションを作成したい」といった必要も生じます。
下の階層まで「含めて」複製したい場合
下層コンポの内容まで含めて複製したい場合は、タイムラインではなくプロジェクトウィンドウ上で、当該のコンポジションを選択し複製（ctrl + D）してあげます。
すると、Pre-002のように自動的に別名が割り振られたコンポが作成されます。
Pre-002の中身はPre-001と同じ内容ですが、参照関係は独立しているのでPre-002の中身をいじっても、Pre-001には反映されません。
実は長いこと「レイヤーの複製は可能だけど、コンポジションの複製は無理」と思い込んでいましたが、そんなことはありませんでしたね。
ただし、この方法では、下層コンポ内に さらにプリコンポーズされたコンポ（Z）がある場合、そのコンポ（Z）よりも下の下層ファイルは複製されません。後述の「True Comp Duplicator」プラグインを導入すると、複製が可能です。
最下層のコンポまで含めて複製したい場合
下層コンポに、さらにプリコンポーズされたコンポジションがある場合は「True Comp Duplicator」というプラグインを使うと複製が可能です。
まとめ
というわけで、AfterEffectsで下層コンポも含めてコンポジションを複製する方法でした。
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書いて頂いた例のように、一度precompose
しただけであれば”下の階層迄含めた複製”
ができることはよくわかりました！
貴重な情報を有り難う御座います！
もしお時間あれば教えて頂きたいのですが、
下層コンポジションの中に更にPrecompose
されたコンポジションがある場合、
複製は”下の階層迄含めた複製”をする方法はありますでしょうか？
コメントありがとうございます、返信がすっかり遅くなってしまいました。
ご質問の件、現状では私も方法がわかりません、すみません。時間があるときに調べてみようと思います。
1.Aepフォルダーをコピーする
2.使用したいファイルだけ残す（[ファイル]メニュー＞[未使用のフッテージを削除] ）
4.メニューのレイヤー→プリコンポーズ で全てのレイヤーをまとめる
5.ファイル→読み込み→aepプロジェクトを選択して読み込む
6.プリコンポーズデータのみタイムラインに持っていけば編集できる！
貴重な情報ありがとうございます！
こちらは「下層コンポジションの中にプリコンポーズされたコンポジションがある場合の複製方法」ということでしょうか？ あとで私も検証してみようと思います。